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Registros recuperados : 35 | |
4. | | RAMOS, S. B.; SAVEGNAGO, R. P.; ZUIN, R. G.; LEDUR, M. C.; FIGUEIREDO, E. A. P. de; MUNARI, D. P. Comparação de modelos não lineares para o ajuste da produção de ovos de aves selecionadas para postura In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55, 2009, Águas de Lindóia. Anais... Águas de Lindóia:SBG, 2009. p. 156. Projeto/Plano de Ação: 01.06.106.03-05 Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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5. | | NASCIMENTO, G. B.; VENTURA, R. V.; LEDUR, M. C.; SAVEGNAGO, R. P.; SENO, L. de O.; MUNARI, D. P. Inbreeding effect and genotyping strategies for genomic selection in simulated data. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Programme and abstract book... [S.l.: s.n.], 2013. p. 41. ISAFG 2013. AB 34. Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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7. | | SAVEGNAGO, R. P.; RAMOS, S. B.; CAETANO, S. L.; LEDUR, M. C.; SCHMIDT, G. S.; MUNARI, D. P. Associações genéticas entre características de qualidade do ovo e produção de ovos em uma linhagem de aves de postura In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55, 2009, Águas de Lindóia. Anais... Águas de Lindóia:SBG, 2009. p. 155. Projeto/Plano de Ação: 01.06.106.03-05 Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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9. | | CAETANO, S. L.; SAVEGNAGO, R. P.; ZUIN, R. G.; LEDUR, M. C.; FIGUEIREDO, E. A. P. de; MUNARI, D. P. Parâmetros genéticos para produção de ovos medida em períodos parciais e total em aves de postura In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55, 2009, Águas de Lindóia. Anais... Águas de Lindóia:SBG, 2009. p. 157. Projeto/Plano de Ação: 01.06.106.03-05 Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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10. | | SAVEGNAGO, R. P.; NUNES, B. do N.; CAETANO, S. L.; FERRAUDO, A. S.; SCHMIDT, G. S.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Comparison of logistic and neural network models to fit to the egg production curve of white leghorn hens. Poultry Science, v. 90, n. 3, p. 705-711, mar. 2011. Projeto: 01.06.01.006. Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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11. | | CRUZ, D. A. C. da; SAVEGNAGO, R. P.; SANTANA, A. B. B.; PEIXOTO, M. G. C. D.; BRUNELI, F. A. T.; FARO, L. El. Cluster analysis of breeding values for milk yield and lactation persistency in Guzerá cattle. Ciencia Rural, v. 46, n. 7, p. 1281-1288, 2016. Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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12. | | JOAQUIM, L. B.; ZANELLA, R.; CANTAO, M. E.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; SAVEGNAGO, R. P.; MUNARI, D. P. Inbreeding estimates using three different approaches in a swine breeding population. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 61., 2015, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2015. Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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13. | | BUZANSKAS, M. E.; SAVEGNAGO, R. P.; RAMOS, S. B.; NUNES, B. do N.; CARDOSO, D. F.; MUNARI, D. P.; ALENCAR, M. M. de. Análise de componentes principais do peso corporal e de características reprodutivas de fêmeas da raça Canchim. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 8., 2010, Maringá. Melhoramento animal no Brasil: uma visão crítica - anais. Maringa: SBMA, 2010 1 CD-ROM Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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14. | | ROSA, J. O.; SAVEGNAGO, R. P.; MARCHESI, J. A. P.; CRUZ, V. A. R. da; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Análise de componentes principais dos valores genéticos para peso corporal e de órgãos de aves de corte. In: CURSO DE INVERNO DE GENÉTICA, 7., FACAV-UNESP, 2016. Publicado: Ciência & Tecnologia: Fatec-JB, Jaboticabal, v. 8, n. 1, 2016. Número especial 2. Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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15. | | JOAQUIM, L. B.; NASCIMENTO, G. B. do; MARCHESI, J. A. P.; SAVEGNAGO, R. P.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Estudo dos segmentos de homozigose em uma população de suínos. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 12., 2017, Ribeirão Preto. Anais... Ribeirão Preto: SBMA, 2017. 1 CD-ROM. Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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16. | | BERNARDES; NASCIMENTO, G. B. do; SAVEGNAGO, R. P.; BUZANSKAS, M. E.; WATANABE, R. N.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L.; GONDRO, C.; MUNARI, D. P. Evaluation of imputation accuracy using the combination of two high-density panels in nelore beef cattle. Scientific Reports, v. 9, 17920, 2019. Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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17. | | SAVEGNAGO, R. P.; CRUZ, V. A. R.; RAMOS, S. B.; CAETANO, S. L.; SCHMIDT, G. S.; LEDUR, M. C.; EL FARO, L.; MUNARI, D. P. Egg production curve fitting using nonlinear models for selected and nonselected lines of White Leghorn hens. Poultry Science, v. 91, p. 2977-2987, 2012. Projeto: 01.06.01.006. Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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18. | | BAINY, A. M.; SAVEGNAGO, R. P.; FREITAS, L. A. de; NUNES, B. do N.; ROSA, J. O.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Estimates of genetic parameters and cluster analyses for carcass and meat quality traits in birds. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 52, n. 3, p. 205-213, mar. 2017. Título em inglês: Estimativa de parâmetros genéticos e análises de agrupamento para características de carcaça e qualidade da carne em aves. Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves; Embrapa Unidades Centrais. |
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19. | | SAVEGNAGO, R. P.; CAETANO, S. L.; RAMOS, S. B.; NASCIMENTO, G. B.; SCHMIDT, G. S.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Estimates of genetic parameters, and cluster and principal components analyses of breeding values related to egg production traits in a White Leghorn population. Poultry Science, v. 90, n. 10, p. 2174-2188, 2011. Projeto: 01.06.01.006. Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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20. | | SAVEGNAGO, R. P.; PAULA, D. M. de; NUNES, B. do N.; RAMOS, S. B.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; MUNARI, D. P. Estimativas de parâmetros genéticos e fenotípicos de características reprodutivas em cruzamentos recíprocos de aves de corte e postura. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2008, Brasilia, DF. Anais... Funcredi/Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, p.489, 2008. Projeto/Plano de Ação: 01.02.102.10-10 Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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Registros recuperados : 35 | |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
29/11/2019 |
Data da última atualização: |
13/03/2023 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
A - 1 |
Autoria: |
BERNARDES; NASCIMENTO, G. B. do; SAVEGNAGO, R. P.; BUZANSKAS, M. E.; WATANABE, R. N.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L.; GONDRO, C.; MUNARI, D. P. |
Afiliação: |
Priscila Arrigucci Bernardes, UNESP; Guilherme Batista do Nascimento, Centro Universitário de Adamantina; Rodrigo Pelicioni Savegnago, Instituto de Zootecnia; Marcos Eli Buzanskas, Universidade Federal da Paraiba; Rafael Nakamura Watanabe, UNESP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; Luiz Lehmann Coutinho, USP; Cedric Gondro, Michigan State University; Danísio Prado Munari, UNESP. |
Título: |
Evaluation of imputation accuracy using the combination of two high-density panels in nelore beef cattle. |
Ano de publicação: |
2019 |
Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 9, 17920, 2019. |
DOI: |
doi.org/10.1038/s41598-019-54382-w |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
this study compared imputation from lower-density commercial and customized panels to high-density panels and a combined panel (Illumina and Affymetrix) in Nelore beef cattle. Additionally, linkage disequilibrium and haplotype block conformation were estimated in individual high-density panels and compared with corresponding values in the combined panel after imputation. Overall, 814 animals were genotyped using BovineHD BeadChip (IllumHD), and 93 of these animals were also genotyped using the Axion Genome-Wide BOS 1 Array Plate (AffyHD). In general, customization considering linkage disequilibrium and minor allele frequency had the highest accuracies. The IllumHD panel had higher values of linkage disequilibrium for short distances between SNPs than AffyHD and the combined panel. The combined panel had an increased number of small haplotype blocks. The use of a combined panel is recommended due to its increased density and number of haplotype blocks, which in turn increase the probability of a marker being close to a quantitative trait locus of interest. Considering common SNPs between IllumHD and AffyHD for the customization of a low-density panel increases the imputation accuracy for IllumHD, AffyHD and the combined panel. |
Thesagro: |
Bovino; Gado de Corte. |
Thesaurus NAL: |
Animal breeding; Beef cattle. |
Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/205859/1/Arrigucci-et-al-2019EvaluationOfImputationAccuracy.pdf
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Marc: |
LEADER 02062naa a2200277 a 4500 001 2115563 005 2023-03-13 008 2019 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $adoi.org/10.1038/s41598-019-54382-w$2DOI 100 1 $aBERNARDES 245 $aEvaluation of imputation accuracy using the combination of two high-density panels in nelore beef cattle.$h[electronic resource] 260 $c2019 520 $athis study compared imputation from lower-density commercial and customized panels to high-density panels and a combined panel (Illumina and Affymetrix) in Nelore beef cattle. Additionally, linkage disequilibrium and haplotype block conformation were estimated in individual high-density panels and compared with corresponding values in the combined panel after imputation. Overall, 814 animals were genotyped using BovineHD BeadChip (IllumHD), and 93 of these animals were also genotyped using the Axion Genome-Wide BOS 1 Array Plate (AffyHD). In general, customization considering linkage disequilibrium and minor allele frequency had the highest accuracies. The IllumHD panel had higher values of linkage disequilibrium for short distances between SNPs than AffyHD and the combined panel. The combined panel had an increased number of small haplotype blocks. The use of a combined panel is recommended due to its increased density and number of haplotype blocks, which in turn increase the probability of a marker being close to a quantitative trait locus of interest. Considering common SNPs between IllumHD and AffyHD for the customization of a low-density panel increases the imputation accuracy for IllumHD, AffyHD and the combined panel. 650 $aAnimal breeding 650 $aBeef cattle 650 $aBovino 650 $aGado de Corte 700 1 $aNASCIMENTO, G. B. do 700 1 $aSAVEGNAGO, R. P. 700 1 $aBUZANSKAS, M. E. 700 1 $aWATANABE, R. N. 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 700 1 $aCOUTINHO, L. L. 700 1 $aGONDRO, C. 700 1 $aMUNARI, D. P. 773 $tScientific Reports$gv. 9, 17920, 2019.
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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